É importante que os pais saibam que uma criança com IDCG não deve receber vacinas. Algumas vacinas introduzem um vírus vivo em uma pessoa. Uma criança com um sistema imunológico normal luta contra o vírus da vacina viva e constrói uma imunidade a ele. Uma criança com IDCG não tem um sistema imunológico funcional e pode ficar gravemente doente com o vírus vivo na vacina.

Uma vacina que é particularmente perigosa para uma criança com IDCG é a vacina viva contra rotavírus. A vacina contra o rotavírus é geralmente administrada a uma criança com cerca de dois meses de idade. Em uma pessoa sem IDCG, a vacina contra rotavírus protege contra o rotavírus que causa vômitos, diarreia grave e desidratação. Na pessoa com IDCG, a vacina contra rotavírus pode causar os mesmos sintomas que foi projetada para prevenir - vômitos, diarreia e desidratação. Esses sintomas podem ser longos e graves em uma criança com IDCG. 

Os bebês com IDCG não devem receber vacinas contra rotavírus, varicela, papeira, rubéola, sarampo, poliomielite viral viva, vacina viva contra a gripe nasal ou vacinas BCG.

Irmãos de uma criança com IDCG não devem receber a vacina contra rotavírus ou qualquer vacina contra vírus vivo atenuado, como varicela e vacina contra gripe nasal viva antes que a criança seja tratada, pois isso poderia expor um bebê com IDCG a essas doenças. Os irmãos podem, no entanto, receber vírus mortos, como a tosse convulsa e a gripe, e as famílias são incentivadas a manter-se atualizadas sobre suas vacinas, particularmente suas vacinas anuais contra a gripe.